El Hospital El Escorial es el resultado de la fusión, a finales del siglo pasado, de dos edificios y organizaciones sanitarias: el Hospital de La Alcaldesa (antiguo Hospital San Carlos) y el Hospital Monográfico de las Enfermedades del Tórax.
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Desde 2002, al producirse las transferencias sanitarias de la red de hospitales del INSALUD, el Hospital se integró en el Servicio Madrileño de Salud manteniendo su carácter de hospital comarcal.